Il tracciato di Brno ha accolto i giovani della moto3 con un asfalto in condizioni asciutte rispetto al mattino. A svettare in cima alla classifica delle prequalifiche è stato Alvaro Carpe, lo spagnolo primo degli ammessi alla Q2 ha stampato un 2'05''840, firmando il nuovo e atteso record del circuito che va a rimpiazzare quello di Rins che resisteva dal 2013. Alle sue spalle a +0'157 di distacco il compagno di squadra e leader del mondiale Rueda 2°, che chiude così una doppietta per il team KTM Ajo. Terzo tra i più veloci della sessione è stato invece la conferma Maximo Quiles per CFMoto.
Buona la prima anche per Guido Pini 4°, il rookie di Intact GP guadagna la Q2 ed è il migliore degli italiani in questa sessione. Alle sue spalle guadagnando la Q2 anche Perrone 5°, Munoz 6°, Kelso 7° e Foggia 8°. Chiudono la top dieci Yamanaka 9° e Ogden 10°. Il britannico del team CIP Green Power con un ultimo giro lanciato lascia fuori dalla Q2 proprio Piqueras 15° e primo degli esclusi. Chiudono La Rosa dei quattordici anche Roulstone (protagonista di un veloce highside senza conseguenze), Carraro 12°, e le due Leopard di Almansa e Fernandez.
Passaggio obbligato dalla Q1 per gli altri italiani: Rossi è 16°, Nepa 17°, Morelli 18°, Abruzzo 25°.
