E' un David Alonso da record nelle FP3 del sabato di Misano, il colombiano migliora il proprio riferimento cronometrico di 7 decimi firmando così il nuovo record per la categoria con un 1'40''184. Secondo a staccare il biglietto per la Q2 lo spagnolo Rueda del team KTM Ajo a due decimi di distacco dal leader. Chiude il terzetto dei più veloci l'olandese Veijer a tre decimi da Alonso. E' stata una sessione di libere velocissima, coi primi dieci piloti racchiusi in appena sei decimi. Si guadagnando l'accesso diretto alla Q2 anche l'alfiere del team Leopard Adrian Fernandez 4°, lo spagnolo Ortola 5° per il team MT Helmets, il rookie Piqueras 6° mentre lo spagnolo Holgado chiude 7°.
Migliorano anche gli italiani: Stefano Nepa è 8° per il team MTA ed è il primo degli italiani a staccare il biglietto per la Q2. Lo segue Bertelle 9° ad appena 5 centesimi di distacco con la Honda del team SNipers. Chiude la top ten il giapponese Yamanaka. In Q2 anche Luca Lunetta 12° per il team SIC58, che firma un buon giro veloce negli ultimi minuti della sessione prima che la bandiera gialla per la caduta di Ogden ponesse fine alla sessione. Passa anche Riccardo Rossi 13° per il team Green Power mentre l'australiano Roulstone è l'ultimo a rientrare nella rosa dei 14.
Restano invece fuori dalla Q2, pur migliorandosi, gli italiani Nicola Carraro 17° e Filippo Farioli 19°. Quanto alle cadute, oltre al sopracitato Ogden a fine sessione, Suzuki è finito nella ghiaia nei primi minuti della sessione, senza conseguenze per il pilota. Medesima sorte per Vicente Perez alla curva 9.