Il giapponese Taiyo Furusato conquista la prima pole col crono di 1'40''394, dopo un passaggio dalla Q1, con un vantaggio di quasi un decimo sul leader del campionato Alonso, 2° anche per via di una scivolata all'ultimo giro lanciato. L'alfiere del team CFMoto partirà dalla prima fila, con una vittoria qui a Misano si avvierebbe verso il primo match point nella corsa al titolo. Terzo crono e prima fila anche per il rookie Piqueras, il pilota del team Leopard chiude a pochi millesimi di distacco dal colombiano.
Seconda fila ed è 4° lo spagnolo Ortolà a solo un millesimo dal connazionale, seguito dal primo degli italiani Stefano Nepa, che ha chiuso col 5° per il team MTA. Lo affiancherà in griglia l'olandese Veijer col suo sesto tempo. Terza fila tutta spagnola con Adrian Fernandez 7°, Munoz 8° e Rueda 9° dopo un passaggio dalla Q1. Chiude la top ten Joel Kelso.
Più distante dalla leadership il secondo in classifica di campionato Holgado, costretto ad una partenza dalla 11ª casella, affiancato dall'italiano Lunetta per il team SIC58, un risultato forse sotto le aspettative per il romano dopo la prima fila conquistata nello scorso weekend. 13° crono per il suo compagno di squadra Farioli, e 14° per Bertelle. Non passano invece dalla Q1 gli italiani Rossi e Carraro.