Jaume Masia mette tutti a tacere sul circuito di Sepang, il leader della classifica si aggiudica la pole sul circuito Malese con ben nove decimi di distacco dai propri avversari. L'olandese Veijer, migliore degli inseguitori, ha il secondo miglior crono nonostante anche un passaggio obbligato attraverso la Q1. Chiude il terzetto della prima fila l'italiano Matteo Bertelle, ad appena 3 centesimi dall'olandese.
Costretto all'inseguimento il giapponese Sasaki, il principale rivale in classifica dello spagnolo chiude la sessione col quinto crono, seguito dallo spagnolo Rueda. Il portacolori del team RedBull KTM Ajo ,dopo un passaggio attraverso la Q1, si è poi reso protagonista, incolpevole, di un passaggio che disturba le aspirazioni di qualifica del proprio compagno di squadra. Oncu non migliora quindi il proprio giro veloce che lo avrebbe lanciato in prima fila, partirà invece nono. Altro disastro invece per il terzo protagonista del campionato, Holgado dopo aver ottenuto l'accesso diretto alla Q2, cade e perde la chance di conquistare una ottima partenza dopo le premesse al mattino, è 15°. Nota dolente anche per il miglior rookie della stagione, David Alonso cade a seguito di un brutto highside durante la Q1, il colpo a terra è durissimo ed il colombiano del team Gaviota GASGAS Aspar è costretto a non proseguire le qualifiche. Il pilota fortunatamente sta bene, ma la griglia lo vedrà partire dalla 21° casella.
Quanto agli italiani, oltre al sopracitato Bertelle, Fenati chiude 11°, Rossi del team SIC58 è 14°, Farioli al suo primo ingresso in Q2 ha chiuso poi 16°. Peccato per Nepa, un errore lo relega 26°, la sua peggior qualifica in questa stagione.
La classifica: