Jaume Masia, reduce dalla vittoria al Buddh International Circuit, strappa il miglior crono nella prima giornata di libere sul circuito di Motegi. Il pilota del team Leopard ha segnato un 1'57'068 nelle FP2, migliorandosi rispetto al mattino, è lui il primo ad accedere alla Q2 nella rosa dei 14. Lo seguono Ortolà e Sasaki, che dà una buona prova sul circuito di casa. Le premesse sono quindi ottime per i due principali rivali in classifica di Holgado;: il leader della classifica è quarto nella combinata dei tempi, per la prima volta dopo cinque gare sembra essere riuscito a interrompere la serie negativa in qualifica ed ottiene l'accesso diretto alla Q2, almeno per il momento. Non migliora invece Moreira, che dopo aver dominato la prima sessione di libere scala in quinta posizione.
Migliorano anche Oncu, Stefano Nepa (7° e primo ed unico degli italiani virtualmente in Q2), e Kaito Toba. Il pilota giapponese del team SIC58 è reduce tra l'altro dal podio sul circuito indiano. Come ci si aspettava, sono buone in generale le prestazioni dei giapponesi, Yamanaka, Furusato e Suzuki chiudono anch'essi nella Q2, con quest'ultimo che strappa l'ultimo biglietto d'accesso al nostro Riccardo Rossi, 15°.
Più indietro gli altri italiani: Bertelle, protagonista di una scivolata senza conseguenze, è 18°, Farioli 23°. Fuori dai giochi Fenati, l'italiano del team Snipers è sostituito a Motegi dallo spagnolo Almansa, 17°.
LA CLASSIFICA COMBINATA